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国大等开发的大基因组杂交汇编opera-ms,能准确地聚集复杂的微生物群落
2019-08-09作者:浏览次数:7  来源:生物谷
通过高通量宏基因组测序,实现了微生物组的特征鉴定。然而,现有的方法并没有将短读技术的读片段与长读技术结合起来。在一项新的研究中,来自新加坡国立大学、新加坡基因组研究所、新加坡陈推生医院、南洋理工大学和克罗地亚萨格勒布大学的研究人员开发了一种称为Opera-MS的杂交大基因组组装器,它将基于宏基因组聚类和重复识别的组合。精确的支架结合起来,精确地组装复杂的微生物群落。
国大等开发的大基因组杂交汇编opera-ms,能准确地聚集复杂的微生物群落
相关研究结果发表在2019年8月的Nature Biotechnology期刊上,论文标题为“Hybrid metagenomic assembly enables high-resolution analysis of resistance determinants and mobile elements in human microbiomes”。
国大等开发的大基因组杂交汇编opera-ms,能准确地聚集复杂的微生物群落
通过体外和虚拟肠道微生物群鉴定的评估结果表明,与长阅读技术相比,Opera-MS组装的大基因组具有更高的碱基排列准确度(>5 x;canu),更高的连续性(10 x nga50;megahit,idba-ud,metaspades),并且比非macr更混合。原发性肿瘤。汇编程序的汇编错误更少(2 x;混合铲)。
Opera-MS在同一物种的多个基因组存在的情况下提供菌株的分化组合,为稀有物种(<1%)提供高质量的参考基因组,其读取覆盖率约为9倍,并提供具有更高覆盖率的接近完整基因组。
利用Opera-MS,研究人员对28例抗生素治疗患者的肠道大基因组进行了组装,发现纳米孔长度读取技术的整合导致了更连续的组装(比短读组装高200倍),包括80多个封闭质粒或噬菌体。序列和一个新的263 kbp巨噬细胞。
国大等开发的大基因组杂交汇编opera-ms,能准确地聚集复杂的微生物群落
因此,高质量的杂交组合可以为人类肠道抵抗基因组提供非常详细的观察。

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